科學研究的本質在提出問題、驗證假設。因此本課程依照該原則設計，內容涵蓋植物科學領域數個專題，每週課程兩小時。每三週針對一個專題，由教師闡述該專題之基本知識背景，並引導學生思考與提示學生發現關鍵問題。修課學生須選擇3個授課專題，在教師闡述該專題後，分別撰寫1-2頁書面報告 (內容包含相關問題和可能的答案，於口頭報告前一週末上網繳交)，其後在課堂上針對書面報告中提出的問題與看法做簡要說明。各專題授課教師在學生報告後，歸納統整所提出的問題，闡述與剖析已知的相關研究文獻、並引導學生討論可進一步探討的研究主題與研究方法。